Molla Zeyrek Camii olarak bilinen Pantokrator bugüne kalabilmiş önemli Bizans kiliselerinden biridir. Fatih Sultan Mehmed zamanında camiiye dönüştürülen bu yapının tarihi 12.yüzyılın ilk çeyreğine dek uzanıyor. Günümüzde oldukça perişan haldeki kilise aslında üç kilisenin bir araya gelmesinden oluşuyor.

Üç kilise bir arada, İstanbul'da, Ayasofya'dan sonra, ayakta kalan en büyük kiliseyi oluşturur. Kompleksi ve ilk inşa edilen güneydeki Pantokrator'u, II. Komnenos'un karısı İmparatoriçe Eirene yaptırdı. Eirene'nin ölümünden sonra imparator kocası burada bir kilise daha yaptırmaya karar verdi ve Pantokrator kilisesinin birkaç adım kuzeyinde Meryem'e adadığı bir kilise daha inşa ettirdi.

Böylece birbirine çok yakın iki kilise ortaya çıkınca, İmparator Komnenos bunları birleştirmeye karar verdi ve aralarına, bu üçlünün en küçüğü olan üçüncü şapeli yaptırdı. İoannis Komnenos, bina tamamlandıktan sonra, bir de son narteks yaptırmıştır. Bu, herhalde, kilisenin cephesi boyunca uzanıyordu, ama şimdi tuhaf bir biçimde binanın ortasında kalıyor. Kiliseye buradan giriyoruz; kuzeydeki ve güneydeki kiliselerin narteksleri ortadaki şapelin de önünü kapayarak, ortada buluşuyor. Güneydeki kilisenin üç apsisi var. Eski sütunların yerine Osmanlı döneminde payeler konmuş.Yunan haçı planı açıkça belli. Mermer döşeme ve duvar kaplamalarının çoğu duruyor.

Ortadaki şapel aynı zamanda Komnenoslar'ın aile mezarı olmak üzere tasarlanmıştı. Burada mezarın yeri hala görünür durumdadır. Orta şapel küçük olduğu için onun yan nefleri yoktur, apsisi de tektir. Buna karşılık biri kilisedeki en büyük kubbe olmak üzere, iki kubbesi vardır. Kuzeydeki şapelde de eski sütunların yerini payeler almış, iç süsleme ise tamamen ortadan kalkmıştır. Üç kilise birleştirilince arada duvarlar yer yer yıkılarak tek bir mekan elde edilmiştir. Binanın bütünü, Fatih zamanında camiye çevrilmiş olmakla birlikte şu sıralarda yalnız güney kısmı cami olarak kullanılıyor. Fatih Sultan Mehmed İstanbul'un fethinden sonra, kendi camiini ve külliyesini yaptırıncaya kadar, Pantokrator'un ayakta kalmış binalarını medreseye çevirdi; başına da, o dönemin önemli bilginlerinden Zeyrek Mehmed Efendi'yi getirdi. Bu nedenle bu yapı ve içinde yer aldığı semt 'Zeyrek' olarak adlandırılır.