Sultan II. Bayezid, Kili ve Akkerman fethine giderken, ordunun gereksinimlerini karşılamak üzere Edirne'de kalır. Bu konaklama sırasında da Tunca'nın kenarında 23 Mayıs 1484 günü cami, şifahane, medrese, imaret, tabhane, hamam, değirmen ve köprüden oluşan büyük bir külliyenin temelleri atılır.

Külliye 1488 yılında tamamlanmış olup, merkezde câmi, etrafında Tıp Medresesi, Dârüşşifa, ilkokul, hamam, köprü, değirmenler gibi kültürel ve sosyal birimlerden oluşmaktadır. Camii , dört duvar üzerine oturtulmuş tek kubbeli bir iç mekân ile anıtsal bir görüntüye sahiptir. Dârüşşifası (ki içinde mûsiki ve su sesi ile hastaların tedavi edildiği merkez) hâlen Trakya Üniversitesi'ne bağlı Sağlık Müzesi olarak değerlendirilmektedir.

Tıp Medresesi ve aş evleri - halen çalışmıyorsa da- bina olarak ayakta bulunuyor. Avrupa'da akıl hastaları hasta sayılmazlar, şeytanla işbirliği yapan insanlar diye düşünülerek çoğu kez diri diri yakılırlardı. Külliyenin şifahanesindeyse akıl ve ruh hastaları, Türk müziğinin çeşitli makamları ile tedavi edilirlerdi.

Şifahaneye devamlı bağlı on hanende ve sazende çalışırdı. Ney, keman, santur ve ud kullanılan sazlar arasındaydı. Özellikle neva, rast, dügah, segah, çargah ve buselik gibi makamların dinletilmesinden olumlu sonuçlar alınmıştı. Musikiden başka hastalar çiçek kokuları ile de tedavi edilirdi.

Türk-Osmanlı mimarisinin en önemli eserlerinden biri olan külliyenin mimarı Hayreddin'di. 21 metre çapındaki kubbesi ile cami tek kubbeli camilerden olup, külliye yüz kadar kubbe ile örtülmüştür.