San Francisco Kuzey California'dan 50 km içeriye kadar uzanan bir yarımadadır. Batısında Pasifik Okyanusu, kuzey ve doğusunda San Francisco Körfezi vardır. San Francisco körfezdeki birçok şehirden biridir. Diğerleri Körfez Köprüsü'nün doğusundaki Oakland, Oakland'in hemen kuzeyinde Berkeley ve San Francisco'nun güneydoğusundaki San Jose dur.

Şehrin en çok turist çeken üç yeri bir üçgenin köşeleri gibidir. Tabanda Van Ness Ave ve Market Caddesi ve tepede Embarcadero. Bu üçgenin ilgi çekici yerleri Union Meydanı'ndaki dükkanlar, Financial District, Civic Center, Tenderloin, Nob Hill, Russian Hill, Çin Mahallesi, Kuzey Plajı ve turistlerin çoğunlukta olduğu Fisherman's Wharf'dır. Market Caddesi'nin kuzeyinde birçok kulüp ve bar vardır. Castro ise şehirdeki gay ve lezbiyen yaşamının merkezidir.

Van Ness Ave'den batıya Pasifik Okyanusu yönüne gidilirse Marina ve Pasifik Heights gibi komşu bölgelere ulaşılabilir. Ayrıca üç şehrin büyük parkı da bu alan içerisindedir:
Presidio, Lincoln Parkı ve Golden Gate Parkı.

49 millik bir sürüş ile şehrin önemli noktaları gezilebilir. Yolculuk sırasında yoldaki işaretler size yardımcı olacaktır ancak bir harita ve pusula yararlı olabilir. Kendinize bir iyilik yapın ve bir gününüzü bu 49 millik yolculuğa ayırın.

Körfez bölgesinde üç büyük havalimanı vardır. San Francisco Uluslararası Havalimanı yarımadanın körfez kısmında şehir merkezlerinin 22km ( 14 mil ) güneyindedir.Oakland şehrinin, Körfez Köprüsü'nün doğu ucunda kendine ait bir havalimanı vardır. Körfezin güney ucundaki San Jose Uluslararası Havalimanı da San Jose'dan birkaç mil, San Francisco'dan ise arabayla bir saatlik yol uzaktadır.

Greyhound şehir içinde uzun mesafe giden tek otobüs şirketidir. Tüm otobüs servisleri Transbay Terminali'nden ( SoMa'dadır ) kalkar. 'Amtrak' tren ağı Körfez Bölgesi'ni Amerika ve Kanada'ya bağlar. Ana tren istasyonları Doğu Körfezi'nde bulunan Oakland ve Emeryville'dedir. CalTrain San Francisco'yu San Jose 'a bağlar ve onun da merkezi SoMa'dadır.